疾控中心实验室排水来源比较复杂，污水中含有病毒、细菌、化学药剂、有机物等污染物，直接排放对城市环境和市民健康存在潜在隐患，应经实验室污水处理设备处理后，方可接入市政污水管网。

       污水处理工艺为：污水收集池→酸碱中和系统→高低电位差微电解系统→芬顿反应系统→絮凝、助凝系统→光氧化催化系统→氧化还原消毒系统→多介质过滤系统。

       北京金树林实验室污水处理设备，通过酸碱中和反应除去有机污染物；采用先进的高低电位差微电解+芬顿反应系统，可以出去90%以上的有机污染物；通过双氧水H2O2，进行初级强氧化，通过次氯酸、臭氧进行第二级强氧化处理；通过絮凝、助凝系统除去悬浮杂质；多介质过滤系统除去所有杂质，排出清水达到排放标准。

       由于污水存在病毒、细菌，污水处理的核心是消毒，设计采用两级强化消毒，首先污水在预消毒池进行预消毒，经过处理后的出水再进行二次消毒，前端预消毒杀死水中大部分致病细菌、病毒，末端消毒进一步强化消毒效果。

       污水处理站的污泥池和处理构筑物的污泥，由具有相应资质的单位或部门定期掏取，所有污泥必须经过有效的消毒处理，按医疗废物处理要求进行集中(焚烧)处置。